Dinas Perhubungan Kabupaten Magetan bermula pada tahun 2001 ketika pemerintah daerah menggabungkan Dinas Lalu Lintas Angkutan Jalan dan Dinas Pariwisata menjadi Dinas Perhubungan dan Pariwisata. Pada tahun 2009, seiring penyesuaian struktur organisasi, instansi tersebut diubah menjadi Dinas Perhubungan, Komunikasi, dan Informatika. Selanjutnya, berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Magetan Nomor 15 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Satuan Kerja Perangkat Daerah ini secara resmi bernama Dinas Perhubungan Kabupaten Magetan. Terakhir, melalui Peraturan Bupati Nomor 96 Tahun 2021, kedudukan, susunan organisasi, serta uraian tugas dan fungsi Dinas Perhubungan Kabupaten Magetan diperkuat dan distandarkan hingga saat ini.